Han pasado algunos años desde el final de la Guerra Shinobi. Naruto Uzumaki es el séptimo Hokage de Konoha, en esta nueva era. Su hijo, Boruto Uzumaki, pronto entrará en los exámenes de Chunin, junto Sarada Uchiha y el misterioso Mitsuki.

La película se basa en una realidad alterna del universo de Naruto, en la que él nunca perdió a sus padres, y Tobi, (el villano enmascarado), lleva a cabo su plan "Ojo de Luna" para gobernar el mundo, sumiéndolo bajo una ilusión. En esta película los personajes como Sasuke Uchiha tiene una personalidad más agradable y gentil, además de que le gusta Sakura Haruno.

Él es un espía. Ella es una asesina. Juntos, Loid y Yor se guardan su doble vida para sí mismos mientras pretenden ser la familia perfecta. Sin embargo, su hija adoptiva Anya, una telépata, conoce apasionantes secretos de ambos sin que ellos lo sepan. Con el pretexto de llevar a su familia a una escapada de fin de semana invernal, el intento de Loid de avanzar en su misión actual, la Operación Strix, resulta difícil cuando Anya se involucra por error y desencadena eventos que amenazan la paz mundial.