El virus mortal Medousa se extiende en forma de epidemia a escala mundial. Las autoridades deciden poner a un grupo de personas en sueño criogénico con la esperanza de que duerman hasta que sea hallada una cura. La adolescente Kasumi, una de los 160 elegidos, es sometida al proceso de criogenización en el Centro de Cápsulas e Sueño Frío en un antiguo castillo. Pero cuando Kasumi y los demás despiertan, se dan cuenta que el Centro no es como recordaban...

Han pasado algunos años desde el final de la Guerra Shinobi. Naruto Uzumaki es el séptimo Hokage de Konoha, en esta nueva era. Su hijo, Boruto Uzumaki, pronto entrará en los exámenes de Chunin, junto Sarada Uchiha y el misterioso Mitsuki.

La película se basa en una realidad alterna del universo de Naruto, en la que él nunca perdió a sus padres, y Tobi, (el villano enmascarado), lleva a cabo su plan "Ojo de Luna" para gobernar el mundo, sumiéndolo bajo una ilusión. En esta película los personajes como Sasuke Uchiha tiene una personalidad más agradable y gentil, además de que le gusta Sakura Haruno.

Él es un espía. Ella es una asesina. Juntos, Loid y Yor se guardan su doble vida para sí mismos mientras pretenden ser la familia perfecta. Sin embargo, su hija adoptiva Anya, una telépata, conoce apasionantes secretos de ambos sin que ellos lo sepan. Con el pretexto de llevar a su familia a una escapada de fin de semana invernal, el intento de Loid de avanzar en su misión actual, la Operación Strix, resulta difícil cuando Anya se involucra por error y desencadena eventos que amenazan la paz mundial.