El virus mortal Medousa se extiende en forma de epidemia a escala mundial. Las autoridades deciden poner a un grupo de personas en sueño criogénico con la esperanza de que duerman hasta que sea hallada una cura. La adolescente Kasumi, una de los 160 elegidos, es sometida al proceso de criogenización en el Centro de Cápsulas e Sueño Frío en un antiguo castillo. Pero cuando Kasumi y los demás despiertan, se dan cuenta que el Centro no es como recordaban...

La película se basa en una realidad alterna del universo de Naruto, en la que él nunca perdió a sus padres, y Tobi, (el villano enmascarado), lleva a cabo su plan "Ojo de Luna" para gobernar el mundo, sumiéndolo bajo una ilusión. En esta película los personajes como Sasuke Uchiha tiene una personalidad más agradable y gentil, además de que le gusta Sakura Haruno.