Naruto es un joven aprendiz de ninja marginado y temido en la Villa Oculta de la Hoja tanto por su carácter hiperactivo y gamberro como por el terrible poder sellado en su interior. Acompañado por el intenso Sasuke y la ingeniosa Sakura, Naruto comienza su aprendizaje decidido a convertirse en maestro Hokage, la más alta distinción entre los ninjas, para ganarse el reconocimiento de los suyos.

Han pasado algunos años desde el final de la Guerra Shinobi. Naruto Uzumaki es el séptimo Hokage de Konoha, en esta nueva era. Su hijo, Boruto Uzumaki, pronto entrará en los exámenes de Chunin, junto Sarada Uchiha y el misterioso Mitsuki.

La película se basa en una realidad alterna del universo de Naruto, en la que él nunca perdió a sus padres, y Tobi, (el villano enmascarado), lleva a cabo su plan "Ojo de Luna" para gobernar el mundo, sumiéndolo bajo una ilusión. En esta película los personajes como Sasuke Uchiha tiene una personalidad más agradable y gentil, además de que le gusta Sakura Haruno.