El virus mortal Medousa se extiende en forma de epidemia a escala mundial. Las autoridades deciden poner a un grupo de personas en sueño criogénico con la esperanza de que duerman hasta que sea hallada una cura. La adolescente Kasumi, una de los 160 elegidos, es sometida al proceso de criogenización en el Centro de Cápsulas e Sueño Frío en un antiguo castillo. Pero cuando Kasumi y los demás despiertan, se dan cuenta que el Centro no es como recordaban...

Enero de 2118. La inspectora jefe del Departamento de Investigación Criminal, Akane Tsunemori, recibe un informe sobre un incidente en un navío extranjero: se ha hallado el cadáver de la profesora Milicia Stronskaya. Al reunirse con Shinya Kogami, un antiguo fugitivo del Departamento de Investigación Criminal, Akane se enfrenta a un caso que no tarda en superar sus expectativas. Los Papeles de Stronskaya podrían revelar una verdad que haría tambalearse al gobierno japonés, e incluso al Sistema Sibyl, hasta sus cimientos.