Cuando los cuerpos de los dos amigos, Aobing y Nezha, están a punto de ser destruidos, se les permite que sus almas sigan existiendo. Su maestro, Taiyi Zhenren, restaura sus cuerpos con la ayuda de una flor de loto. Después de esto, Nezha parte en busca de enfrentar al Rey Dragón del Mar del Este, Ao Guang.
La película se basa en una realidad alterna del universo de Naruto, en la que él nunca perdió a sus padres, y Tobi, (el villano enmascarado), lleva a cabo su plan «Ojo de Luna» para gobernar el mundo, sumiéndolo bajo una ilusión. En esta película los personajes como Sasuke Uchiha tiene una personalidad más agradable y gentil, además de que le gusta Sakura Haruno.